二氯丙烷轉錄因子轉譯后進一步的基因修飾、蛋白磷酸化及與其他蛋白(CbHLH, WD40)相互作用不僅調節其進入細胞核的過程，也改變其與DNA分子的結合能力結合方式以及在細胞中所處的位置。比如調控金蕎麥花色素和類黃合成的Fc二氯丙烷P 1必須依賴與bHLH蛋白的結合[32]。單紅等[33通過酵母單雜交實驗證實菊花Cm二氯丙烷和Cm二氯丙烷2本身沒有轉錄激活活性，需要與其他蛋白構成蛋白復合物才能調控下游基因的表達。趙佳等[34通過分析月季花二氯丙烷轉錄因子的R3結構域發現，其含有一段與bHLH蛋白發生特異結合的保守氨基酸殘基[D/E]Lx2[R/K]x3Lx6Lx3Ro Gollop等[35研究表明能對Cat十、光照、病菌等做出反應的結構基因的啟動子區富含大量R2R3-二氯丙烷和bHLH的結合位點;進一步研究發現馬鈴薯StAN 1與bHLH轉錄因子協同調控花色素普合成途徑上多個關鍵: CHS(查耳合成，Chalcone synthase )CHI(查耳異構，Chalcone isomerase )F3H(:二氯丙烷-3-輕化，Flavanone 3-坷droxylase) F3'H(二氯丙烷-3’一輕化，Flavonoid 3’一坷droxylase )DFR(二氫黃醇還原，Di場droflavonol 4-reductase )ANS(花青素合成，Anthocyanidin synthase)的表達。相關研究表明轉錄因子借助核定位信號區(Nuclearlocalizationsignal，NLS)與NBPC NL S-binding protein)蛋白和親核蛋白結合并以主動運輸的方式進入細胞核，而沒有NLS的轉錄因子需與含有NLS的轉錄因子結合才能進入細胞核[38]。此外，轉錄因子的活性還受發育階段、環境因子、細胞周期、信號轉導等影響。www.samfields.com